学院下设7个教研室：人体解剖学教研室、组织胚胎学教研室、病理学教研室、病理生理学教研室、病原生物学与免疫学教研室、生物化学教研室、生理学教研室。1个国家级基础医学实验教学示范中心：基础医学国家级实验教学示范中心，下设3个省级实验教学示范分中心，包括医学生物实验学分中心、人体机能实验学分中心、医学形态实验学分中心。3个省级重点实验室：江苏省脑病生物信息重点实验室、免疫代谢重点实验室、免疫与代谢国际合作联合实验室。4个徐州市重点实验室：神经生物学实验室、生理功能与损伤实验室、临床与实验病理学实验室、感染与免疫实验室。1个科研实验中心：生物化学与分子生物学研究中心。4个职能办公室：党政办公室、教学办公室、学科建设与研究生工作办公室、学生工作办公室。